Après le taux d’incidence plus faible virus en Espagne, objet d’un précédent article, et la polémique d’hier sur la différence des nombres de l’ARS des Bouches-du-Rhône et de la direction générale de la santé, c’est aujourd’hui le seuil de cycle en France qui est en cause. Plus particulièrement en fonction du type de réactifs utilisés, qui sont alloués au niveau européen.
Rappelons que le seuil de cycle (Ct pour «cycle threshold») est le nombre de cycles utilisés par la machine pour détecter le virus. Plus ce nombre est élevé, plus la sensibilité de la machine à la détection de virus est grande. Les professeurs Raoult et Yazdanpanah ont accepté d’utiliser un seuil de cycle entre 30 et 35 afin de ne pas mesurer les faux positifs ou les patients avec des résidus d’ARN du virus dans leurs cavités nasales.
Dans l’un de nos articles précédents, nous rapportions que le seuil de cycle utilisé était de 42, ce qui avait deux conséquences. Le premier est la détection d’un grand nombre de personnes non malades. La deuxième préoccupation est liée à la capacité de détection et au nombre de tests. En effet, à 1 million de tests par semaine et à un seuil de cycle élevé, non seulement des personnes non malades sont détectées, mais notre capacité à tester et donc à obtenir des résultats en temps utile (24 heures) est affectée. Cela entraîne donc une réelle perte de chance pour les patients réellement malades puisqu’ils doivent non seulement attendre pour prendre rendez-vous mais aussi attendre d’obtenir leurs résultats, souvent au-delà du nombre de jours de la période virale.
Les dernières publications médicales de référence sur ce sujet sont alarmantes sur la nécessité de relier les résultat d’un test PCR à l’examen clinique avant de prétendre qu’une personne est malade. En d’autres termes, une personne asymptomatique avec une PCR positive pourrait être diagnostiquée pas malade. Ceci conduit à un biais dans les statistiques des taux d’incidence qui mesurent les personnes non malades pour deux raisons: la première, le seuil de sensibilité des tests trop élevé donne des résultats trop sensibles. Le second, conséquence du premier, détecte donc les non-malades qui gonflent les statistiques. en outre une autre publication s’interroge sur la nécessité de rechercher un quatrième gène cible pour le SRAS Cov2 afin que les tests soient plus fiables et offrent ainsi une détection plus spécifique de Covid-19.
L’abaissement du seuil de cycle effectif en France pour certains laboratoires
Nous avons observé l’effet d’un seuil de cycle inférieur possible en Espagne sur le nombre de cas détectés.
Aujourd’hui, nous avons obtenu des documents qui montrent que ce seuil de détection vient également d’être abaissé en France au moins dans une série de laboratoires. Suivant l’avis de la Société Française de Microbiologie (SFM) dans son rapport rendu public le 25 septembre 2020, le seuil significatif du cycle d’excrétion virale qui était de 40 vient d’être relevé à 36 pour certains laboratoires précités. Cependant, l’avis du SFM, laissé à l’interprétation du biologiste, recommandait une seule détection indicative de 33.
Le taux d’incidence devrait avoir une chute mécanique. Cela entraînerait un taux de détection plus faible et permettrait de prendre en compte le retard dans les laboratoires. Au profit des vrais malades.
En conséquence, certains laboratoires ont utilisé un niveau de détection pendant une période plus mince que d’autres créant disparités inter-laboratoires résultant en un nombre plus élevé de cas positifs ainsi que les taux d’incidence agrégés en France.
Ces chiffres utilisés pour suivre l’épidémie et décider des mesures sanitaires sont donc surestimés. Dans ce diagramme un étude publiée au BMJ, qui schématise ce qui arrive à 100 personnes. Avec les erreurs de mesure sur les tests, on se retrouve avec des personnes à qui on dit que tu peux sortir, mais qui sont porteuses du virus et qui vont donc infecter d’autres personnes sans le savoir, tout comme on dira à certains de s’isoler quand ils pourraient sortir.
Entre le 36, qui était l’adresse du PJ Quai des Orfèvres, et le 33 choisi par les médecins car il provoque des vibrations de la cage thoracique qui permettaient de discerner l’état des poumons au siècle dernier, il est clair que on ne parle pas de la même chose!
