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Les chercheurs français partagent peu de séquences génétiques

Il n’y a pas de pire aveugle que celui qui ne veut pas voir. Concernant Covid-19, l’adage s’appliquerait-il à la France? Notre pays semble en effet réticent à utiliser un outil de pointe qui permettrait de répondre à des questions importantes sur l’épidémie, telles que
pour déterminer l’origine géographique des nouvelles contaminations à Marseille voire dans toute la France. Ou si le virus mute sur notre territoire. Ou pour évaluer un paramètre clé, encore mal compris, comme le temps entre la date d’apparition des symptômes chez la personne infectieuse et la date d’apparition des symptômes chez la personne infectée …

Cet outil, qui n’est pas innovant, est le séquençage du génome du nouveau coronavirus, c’est-à-dire l’établissement de la liste exacte des quelque 30 000 lettres qui composent les gènes viraux. Depuis mars, le Royaume-Uni a séquencé 35 965 génomes. France… 559 (dont trois virus félins), selon les chiffres de la plus grande base de données génomique du monde, Gisaid, au 26 août.

Pasteur a été le premier

Avec ces informations, nos voisins suivent les «révélations». Ainsi, selon leurs analyses, plus de 1000 introductions du virus en Grande-Bretagne expliquer la pandémie; une souche qui est devenue dominante dans le coronavirus n’est pas plus virulent, les Syndromes de Kawasaki affectant les enfants ne serait pas lié à une souche particulière du coronavirus; etc.

Pendant ce temps, en France, une équipe de Pasteur a décrit leorigine de l’épidémie en France… Sans données de la région Grand-Est, alors qu’une épidémie alsacienne est soupçonnée d’avoir contribué de manière significative à la propagation du virus. Une autre équipe, aux hospices civils de Lyon, a pu quantifier, grâce à 5 198 génomes mondiaux, l’effet de différentes mesures de confinement sur la transmissibilité du virus. “Le faire pour la France seule aurait été intéressant mais nous avons trop peu de séquences”, précise l’une des co-auteurs, Laurence Josset, chargée du séquençage pour le sud de la France, aux hospices de Lyon.

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toutefois La France, avec Pasteur, fut le premier pays européen pour séquencer le nouveau coronavirus. Depuis, l’avance a été perdue. Au 22 mars, le Royaume-Uni comptait 260 génomes, quatre fois plus que la France. Pourquoi un tel écart entre nos deux pays? Les réponses sont nombreuses, mêlant politique, économie ou culture.

Tout d’abord une observation. L’Angleterre est un poids lourd du séquençage depuis longtemps, contrairement à la France. Au début des années 2000, lors du séquençage du génome humain, le British Sanger Center, avec les Américains, a réalisé 80% du travail tandis que le reste des partenaires, dont la France, s’est occupé des 20% restants. En conséquence, l’un des deux leaders industriels dans cette activité est l’anglais, de l’Université d’Oxford, Oxford Nanopore technologies. L’autre est américain, Illumina. Sur un autre virus, le VIH, “La France a 40 fois moins de dossiers que le Royaume-Uni, qui compte néanmoins moins de cas”, regrette Olivier Gascuel, bioinformaticien CNRS à l’Institut Pasteur.

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Alveré Paquet

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